Di akhir abad ke 19, Allen Walker secara resmi bergabung dengan organisasi Exorsist yang menghancurkan Akuma, senjata yang dibuat oleh Millennium Earl menggunakan roh orang mati. Allen memiliki mata terkutuk dan tangannya yang merupakan senjata anti-Akuma, serta kekuatan “Innocence”, pemberian yang diberikan padanya sebagai utusan Tuhan. Allen, bersama dengan teman-teman Exorcist-nya harus menghentikan rencana besar Millenium Earl yang dapat berujung pada kehancuran dunia dan semua makhluk hidup yang ada di bumi.